Gastroenteroloji alanında yaygın olarak kullanılan endoskopi ve kolonoskopi gibi uygulamalar, sindirim sistemi hastalıklarının tanı ve tedavisinde önemli bir rol oynar. Endoskopi, ağız yoluyla girilerek yemek borusu, mide ve ince bağırsağın incelenmesini sağlar. Kolonoskopi ise rektum ve kalın bağırsağın değerlendirilmesi için kullanılan bir yöntemdir. Bu uygulamalar, reflü, ülser, polipler, iltihabi bağırsak hastalıkları ve kanser gibi çeşitli durumların tespitinde ve izlenmesinde kullanılır. Ayrıca, sigmoidoskopi ve ERCP (Endoskopik Retrograd Kolanjiyopankreatografi) gibi diğer endoskopik yöntemler de spesifik hastalıkların tanı ve tedavisinde yardımcı olur. Bu prosedürler, doktorların biyopsi almasına, polipleri çıkarmasına ve bazı tedavi edici müdahalelerde bulunmasına imkan tanır.